Ablacja migotania przedsionków jest złożonym i dość trudnym do przeprowadzenia zabiegiem leczniczym. Dlatego stwarza ryzyko powikłań, które mogą wystąpić u 2-4% chorych poddawanych ablacji. Są to: udar mózgu, przebicie serca z krwawieniem do worka osierdziowego (tzw. tamponada serca), krwiak lub inne problemy w miejscu wkłucia do naczynia. Ryzyko zgonu wynosi 1-2 na 2000 zabiegów. Powikłania są rzadsze u młodszych i zdrowszych pacjentów oraz gdy ablację przeprowadza się w doświadczonych ośrodkach.