Nowe leki przeciwkrzepliwe mogą powodować inne działania niepożądane niż krwawienie. Podobnie jak przy stosowaniu większości leków może wystąpić swędząca wysypka, dolegliwości ze strony jamy brzusznej, zaparcia, ból lub zawroty głowy, itp. Stosunkowo często (u ok. 10% chorych) stosowanie dabigatranu (Pradaxa ) wiąże się z tzw. dyspepsją, która objawia się uczuciem zgagi, pustymi odbijaniami, pobolewaniem w nadbrzuszu. Objawy te najczęściej pojawiają się lub nasilają od razu na początku leczenia. Zwiększone ryzyko wystąpienia tego powikłania występuje, jeśli chory ma powyżej 75 lat, u kobiet oraz w przypadku jednoczesnego zażywania leków przeciwbólowych takich leków jak: Acard, Polocard, Aspirin, Ibuprom, Ketonal itp. Dolegliwości zmniejszają się, gdy lek zażywa się wraz z posiłkiem, popija większa ilością wody lub osłonowo stosuje się leki zmniejszające wydzielanie soku żołądkowego tzw. inhibitory pompy protonowej (np. Nolpaza, Controloc, Helicid itp.). Utrzymywanie się dyspepsji jest wskazaniem do odstawienia dabigatranu i zastąpienia go innym lekiem przeciwkrzepliwym.

Xarelto częściej niż Pradaxa może wywołać laboratoryjne cechy uszkodzenia wątroby, nie dające objawów ze strony jamy brzusznej; te cechy pojawiają się najczęściej w pierwszych miesiącach leczenia i po odstawieniu leku ustępują.