Skrzeplina, która może powstać w sercu chorego z migotaniem przedsionków, może wydostać się z serca wraz z prądem krwi. Skrzeplina powstająca w lewym przedsionku może dotrzeć do tętnicy w mózgu, powodując udar. Skrzeplina może też trafić do innych tętnic, które doprowadzają krew do określonego narządu, prowadząc do ich zablokowania. W efekcie może dochodzić do niedokrwienia i martwicy w tym narządzie. Taki zator często dotyczy tętnicy, która dociera do kończyn, nerek, śledziony lub jelit. Skrzeplina powstająca w prawym przedsionku może przemieszczać się do krążenia płucnego, wywołując zatorowość płucną. Niezależnie od tego, w którym z przedsionków powstała skrzeplina, wywoływany przez nią zator może stanowić poważne zagrożenie życia.
