Ablacja jest zabiegiem bezpiecznym, jednak jak każdy zabieg – może wiązać się z powikłaniami, czasem poważnymi, przy czym występującymi bardzo rzadko. Częstość powikłań jest większa u pacjentów starszych (>70lat), z uszkodzonym sercem i z innymi chorobami współistniejącymi.

Najczęstszymi powikłaniami ablacji są: krwiak (lub inne powikłania miejscowe) w miejscu wkłucia w pachwinie, rzadko udar mózgu, uszkodzenie ściany serca (tamponada), uszkodzenie układu elektrycznego serca (bloki serca, nasilenie arytmii), zakrzepica w naczyniach kończyn dolnych.