Koronarografia to procedura zabiegowa, obarczona pewnym ryzykiem wystąpienia powikłań, przy czym ryzyko poważnych powikłań wynosi poniżej 1%. W czasie zabiegu może dojść do uszkodzenia tętnicy przez którą wprowadza się cewniki lub tętnicy wieńcowej (doprowadzającej krew do mięśnia sercowego). Mogą pojawić się zaburzenia rytmu serca, zawał serca lub udar mózgu.