Lista przyczyn migotania przedsionków jest długa. Najczęściej arytmia ta  jest spowodowana   określoną chorobą serca, np. wadą zastawki, przebytym zawałem serca, nadciśnieniem tętniczym z zajęciem serca itp. Na to nakłada się zazwyczaj jakiś czynnik dodatkowy – inicjujący migotanie. Może to być odwodnienie organizmu, gorączka, działanie jakiegoś leku, a także wzdęcie brzucha. Niektóre choroby przewodu pokarmowego mogą bardziej sprzyjać migotaniu przedsionków, np. przepuklina rozworu przełykowego lub refluks żołądkowo-przełykowy.