Koronarografia jest badaniem inwazyjnym polegającym na ocenie anatomii i ewentualnego stopnia zwężenia przez miażdżycę tętnic wieńcowych. Jak każde badanie inwazyjne związana jest z występowaniem skutków ubocznych. Do częstszych powikłań po koronarografii, występujących jednak tylko u ok. 5% pacjentów, należy krwiak w miejscu nakłucia (rozwarstwienie ściany nakłuwanej tętnicy, przetoka tętniczo-żylna),  pokontrastowa niewydolność nerek. Do bardzo rzadkich powikłań występujących poniżej 1% chorych należy przejściowy ból w klatce piersiowej w trakcie wstrzykiwania środka kontrastującego, przejściowe nasilenie zaburzeń rytmu serca i przewodzenia, zakrzepica i zakażenia, głównie miejscowe.