Przeciwwskazaniami do koronarografii są:
- zaawansowana niewydolność nerek,
- obrzęk płuc,
- ciężka skaza krwotoczna,
- czynne krwawienie z przewodu pokarmowego,
- świeżo przebyty udar mózgu,
- niedokrwistość,
- ciężkie nadciśnienie tętnicze,
- znaczne zaburzenia elektrolitowe,
- współistniejąca wyniszczająca choroba,
- zapalenie wsierdzia,
- niewyrównana cukrzyca.
W większości są to przeciwwskazania względne, co oznacza żew szczególnych przypadkach możne wykonać koronarografię mimo wymienionych przeciwwskazań. Ma to miejsce gdy lekarz uzna, że potencjalne korzyści z wykonania zabiegu przewyższają ryzyko z nim związane.