Sam fakt występowania migotania przedsionków nie powinien mieć wpływu na skuteczność lub bezpieczeństwo stosowania leków ułatwiających zasypianie. Natomiast problem mogą stanowić leki stosowane u pacjenta z powodu migotania, które będą wchodziły w niekorzystną interakcję z lekami nasennymi, nawet takimi jak bez receptowa melatonina. Do takich leków należy m.in. Amiodaron (lek antyarytmiczny) lub leki przeciwkrzepliwe, szczególnie Warfin i Acenokumarol.